As lagoas, depósitos de água doce ou salobra diferenciam-se das lagunas por não serem afetadas diretamente pelas águas do mar. As lagunas, com águas salobras e salgadas sofrem interferências através de canais de ligação com as águas o mar, da ação das marés associadas com ventos do litoral.
Na região da Ilha de Santa Catarina, o rebaixamento do nível do mar ocorrido há mais de cinco mil anos, formando as planícies sedimentares que uniram o antigo grupo de ilhas que hoje são seus morros, isolaram depósitos de água de diferentes tamanhos e regimes hídricos.
Neste processo, se formaram várias lagunas, entre as quais destacamos a Lagoa da Conceição, a Lagoa do Peri e a Lagoinha do Leste. A Lagoa da Conceição na realidade é uma laguna costeira, de águas salobras e de forma alongada sentido Norte-Sul com mais de 20 km². O canal situado na localidade da Barra da Lagoa faz sua ligação com o mar e permite o fluxo de água e organismos aquáticos entre este e a lagoa, tornando esta uma fonte de recursos pesqueiros.
A Lagoa do Peri, originária de uma antiga enseada que foi bloqueada em seu contato com o mar por um processo natural de sedimentação, hoje se situa acima do nível oceânico, ligando-se a ele por um canal de escoamento com fluxo d’água unidirecional. Com uma superfície aproximada de 5 km² é a maior lagoa de água doce do litoral catarinense. As encostas que a cercam são cobertas pela floresta ombrófila densa e em determinadas áreas ainda mantém suas características originais. Ao leste, a lagoa delimita-se com depósitos sedimentares de origem marinha, eólica e fluvial, cobertos por vegetação litorânea.
A Lagoinha do Leste, situada na costa sudeste da Ilha de Santa Catarina e de pequenas dimensões, está ligada ao mar por passagem esporádica de suas águas. A cobertura vegetal de seu entorno é composta principalmente, por espécies nativas e abrigo a uma exuberante fauna. Temos ainda a presença da Lagoa Pequena no Rio Tavares, da Lagoinha de Ponta das Canas, da Lagoa da Chica no Campeche e a Lagoa do Jacaré em Ingleses do Rio Vermelho.
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